第21集
败退的长谷堪助留有后招，他利用海上的强机动力，设下了连环杀圈套。一路倭寇直取空虚的新河城，一路进攻台州，一路在去往台州的必经之路上峰岭设伏。戚继光分兵一半交给杨文，火速驰援新河，解新河之围后，片刻不停赶往台州。戚继光自己带领一半戚家军，经上峰岭赶往台州。新河城被围，王昱竹尽显巾帼本色，毫无慌张，她做出了以假乱真的排兵。为了配合戚继光作战，牵制由徐海统领的五峰船队，胡宗宪在徐渭的帮助下，招降了徐海。胡宗宪派徐海作为增援部队，去台州作战。
第22集
戚继光判断出上峰岭恐有埋伏，命令全员不顾一切，抢在倭寇之前设伏。攻守之势逆转，倭寇大败。台州城防坚固，但长谷堪助利用贪财的村民带路，奇袭了台州的门户海门城。长谷堪助在海门城进行了大屠杀，刨挖大明军士的祖坟。倭寇的激将法奏效了，守将蒋州不顾谭纶的严令，带着徐海擅自出战，中了伏击，台州守军损失殆尽。戚继光和杨文分头赶赴台州，这是一次人类军事史上罕见的长途奔袭。戚继光命令士兵们丢掉重装备、干粮，只携带鸳鸯阵必备的兵器。
第23集
戚继光率部进入台州城，与倭寇展开了激烈的巷战。戚继光将本来十一人为一组的鸳鸯阵子阵，变成了三人一组的三才阵、六人一组的两仪阵，依然是遵循着狼筅、盾牌、长枪的三三组合。长谷堪助和大内晴英率残部逃走，向次郎被诛，台州大捷。胜利后，戚继光率领全军，给阵亡的将士举行了庄严的海葬礼。台州大捷后，戚继光成为了当朝第一红人，言官御史们开始弹劾戚继光拥兵自重。刚刚创建了丰功伟业的戚继光，竟面临杀身之祸。
第24集
嘉靖下旨，剥夺了戚继光的兵权，令戚家军原地休整。戚继光早已深谙官场凶险，他将军队托付给性情稳重的赵大河，进京面圣。戚继光进京的举动，皇帝竟然没有责怪，立刻接见了戚继光。君臣二人倾心交谈，嘉靖御赐了新军“戚家军”的称号，却也提出了难题，戚家军需要自己解决军费问题。戚继光抛出了攻克福建横屿岛的策略，那里是倭寇的金库。横屿岛是一个凭借奇特的自然条件形成的堡垒，俞大猷闻讯专程前来，给戚继光分析了横屿作战之难。戚继光想出了奇策，然而这一次他忽略了一个巨大的隐患——军中混入了奸细。
第25集
长谷堪助派出自己的养女林雪，假冒名门遗女，混进了戚家军，成为了杨文麾下的一名女将。表面上看，林雪加入戚家军是要为父报仇，更因爱上了杨文。实际上，这是长谷堪助为了骗过戚继光而量身打造的计策。戚继光以虎蹲炮为杀招，布置了具体的登岛作战计划。林雪在营地中发现了虎蹲炮，她将虎蹲炮的样式、规格画成图纸，用信鸽传给了长谷堪助。战斗伊始，长谷堪助故意示弱，把戚家军放入了岸防炮射程。当戚继光使出虎蹲炮的时候，长谷堪助突然命令岸防炮以远标尺射击。危急时刻，俞大猷率领福建水师到达，压制住了岸防炮。戚继光撤下大部分行动迟缓的重装部队，亲自率领一千精锐冲击泥滩，夺岛成功。
第26集
嘉靖四十一年，严党垮台。严嵩被贬为庶民，严世蕃处死。胡宗宪遭到牵连，他将浙江诸事托付给钦差大臣谭纶，进京面圣。新出任内阁首辅的徐阶，此刻却也施展不开手脚。东南战事明明迫在眉睫，偏偏一直依仗的胡宗宪被算作严党。更为棘手的是，随着胡宗宪被革职，隶属于其的戚家军也只能原地休整，无法出战。胡宗宪被押进了诏狱，徐渭前来与他诀别。胡宗宪向徐渭忏悔了自己一生所犯下的错误，也丝毫不避讳自己的功绩。对于胡宗宪来说，坦坦荡荡，不遮不掩，他已经完成了自己的夙愿，可以安心地离开了。遭到牵连的戚继光，怎么也不肯任胡宗宪蒙冤，他千里疾驰入京，持剑擅闯诏狱。
第27集
胡宗宪留下遗愿，要求徐渭一定替自己完成《筹海图编》。胡宗宪用血在狱中墙上画下了大明的海岸线后自杀。就在戚继光准备冲进狱中之时，徐渭含泪出来了，他代为转达了胡宗宪的遗愿。戚继光猛然间明白了，自己得替胡宗宪、替那些为了抗倭事业献出生命的人继续活下去，直到海波清平。王昱竹的父亲本是个好官，但也牵扯进了严党案，被定了罪。王昱竹写下休书，离开了戚继光。这样一来，戚继光将不会因为王家获罪而被诛连。王昱竹独自回到了黄县水城，她独自望着苍茫大海，丝毫不悔。此刻的戚家军，被困在了浙江动弹不得。新任的浙江巡抚拘泥死板，将戚继光认作胡宗宪一党，不肯放半点权力。福建兴化府城遭到围困，明军向广东求援。冈川信在城外杀死了广东总兵派来的信使，一众倭寇化装成明军士兵，欲蒙混入城。
第28集
倭寇里应外合，夺取了兴化。这是自嘉靖朝倭患以来，第一个失守的府城。朝廷震怒，福建巡抚被革职查办，谭纶接替福建巡抚。福建战事一天天危急。继兴化府城失守后，平海卫也落入倭寇之手，敌人形成了坚固的犄角防御。戚继光做出了人生中最凶险的决定，戚家军在没有得到任何一级命令的情况下，从浙江开拔了。倭寇埋伏在戚继光行军途中，意欲半路而击，给戚家军一个下马威，却不料遭遇了奉命奔赴平海卫的欧阳深和僧兵队伍。作战中，倭寇渐渐不敌僧兵，此时戚继光赶到，将这伙倭寇全部剿灭。戚继光得知欧阳深奉命增援平海卫，二人同路而行。谭纶召集戚继光、俞大猷、欧阳深等将领商讨攻打平海卫的策略，除非有人能潜入城中，里应外合。欧阳深深明大义，主动请缨。
第29集
欧阳深成功地完成了打开城门的任务，但以身殉国。攻下平海卫后，嘉靖拟旨恢复了戚继光的职务，并令其出兵福建。戚继光点齐兵马，策划毕其功于一役，收复兴化，消灭长谷堪助。戚继光布置了一个冒险的战略，他命杨文、林雪等率主力绕过兴化府，作为一支被隐藏起来的主攻部队，于赤血滩集结;以自己为诱饵，打着帅旗直奔赤血滩，吸引长谷堪助主力，待到戚家军主力到达，一举将其包围歼灭。长谷堪助通过林雪得知了戚继光的作战计划，打算将计就计，带主力突袭赤血滩，并命冈川信带人马去林墩北侧埋伏，阻挡戚家军主力。戚家军主力被林雪设计带到了地势不利的山区，遭到了冈川信的突袭。杨文一时间无法突破防御，被困在了林墩。此刻，戚继光和赵大河所带领的诱军在赤血滩遭到了长谷堪助主力的攻击，情形已是十万火急。戚继光在兵力上处于绝对劣势，只能凭借着鸳鸯阵的强大防御能力，勉强支撑着。
第30集(大结局)
杨文所部终于突破了倭寇防御，杨文命胡守仁带主力直奔赤血滩，自己带少部分兵力阻挡冈川信。林雪死于不知其真实身份的冈川信刀下。杨文最终诛杀了冈川信。戚继光四处受敌，最终放弃两翼和后卫，以死亡冲锋誓取长谷堪助性命。戚家军孤军奋战之时，谭纶带一千兵马增援，无奈敌人人数太多，陷入苦战。眼见死亡将至，胡守仁带着七千主力援军赶到，戚家军大败倭寇。长谷堪助逃至入海口，由萧显的五峰船队接应。此时俞大猷已经攻克兴化城，福建水师战船已在入海口集结。大海战来临了，长谷堪助已经到了山穷水尽的地步。一番苦战后，倭寇战败，长谷堪助、萧显和五峰船队全军覆没。戚家军祭奠牺牲将士，戚继光发誓，要尽自己一生，率领戚家军奋战到底。
